一、本罪与非罪的界限
本条虽然对虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪未规定任何情节上的限制，但并非所有的虚开增值税专用发票的行为和虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票行为都应以犯罪论处。对于其中情节显著轻微、危害不大的行为，应根据本法第l3条但书的规定，不认为是犯罪。如虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票数额较小而又无伪造、非法购买增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票等其他情节的，虚开数额较小尚未造成偷税、骗取出口退税等其他后果的;图谋虚开但尚未着手且无其他严重情节的;在他人的威胁、要挟之下被迫为他人虚开但虚开数额不大的，等等，应不作为犯罪处理。
需要指出，根据最高人民法院对全国人大常委会《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》的有关司法解释，虚开增值税专用发票税款数额1万元以上或者虚开增值税专用发票致使国家税款被骗取5000元以上，即应认定为犯罪，否则不是犯罪。在无新的司法解释之前，这一标准可资参考。
二、本罪与偷税罪的界限
本罪与偷税罪，二罪往行为方式上有些竞合之处、如涂改单据，伪造帐目等，尤其是行为人虚开增值税专用发票的最终目的就是用来骗取(抵扣)国家税款，从实质上说是偷税。所以从这个角度看、二罪之间存在着手段与目的关系，即“虚开”只不过是偷税的手段之一，它们之间呈牵连犯关系、按照从一重处的原则，以虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪定罪量刑;但“虚开”行为又不完全包容于偷税罪之中，“虚开”有着它自己的一套相对独立而又比较复杂的行为过程，只有当虚开的增值税专用发票用以去抵扣税款时，才与偷税罪发生关系。而虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪的成立并不必然以抵扣税款的出现或实现为必然条件，只要虚开增值税专用发票达到法定数额(即便是没有抵扣)，就可构成犯罪，“虚开”和“抵扣”，是构成虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪的两个选择性条件，因此，虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪与偷税罪之间的竞合还是很有限的。从总的行为方式上看，二罪之间的区别也很明显，偷税是不缴或少缴应纳税款、使国家得不到应该得到的税款;而“虚开”是没有缴税而伪装缴税，将国家已经得到的税款通过抵扣再骗回来。
三、一罪与数罪的界限
主要应注意两种情况：
1、行为人伪造或购买伪造的增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票或非法购买增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票后又将其虚开的情况，应属于数罪，但因为行为人的前一行为与后一行为存在着手段和目的的牵连关系，因此应视为牵连犯，而应以其中的一个重罪论处，即应以虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款罪论处，对于伪造或购买伪造的增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票或非法购买增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票行为，可作为一个从重的量刑情节对待。
2、虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票后又以此骗取出口退税、抵扣税款的情况下，存在着行为同时适用本罪与本法第204条骗取出口退税罪、本法第201条偷税罪的可能。这属于一罪同时触犯数法条的法条竞合，应适用特别法优于普通法的原则处理。即本法第205条是特别法，第204条、第201条是普通法，应以本罪论处。
四、区分介绍他人虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票犯罪与教唆犯罪及传授犯罪方法罪的界限
介绍他人虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票是指在拥有增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的单位或者个人 (即开票方)与需要虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的单位或者个人(即受票方)之间互相介绍、牵线搭桥，使虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票犯罪的行为得以成立。介绍人属于中介人，是虚开的主体、对其应按本条的规定处罚;教唆虚开是指唆使他人虚开的行为，教唆者既不在行为人之间牵线搭桥，也不具体教唆犯罪方法，对教唆犯应按其在共间犯罪中所起的作用处罚;传授虚开的方法和技巧的行为，其主体只能是自然人，对其应按本法第295条的规定处罚。
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