1、合法行为与损害商誉行为的界限
认定合法行为与损害商誉行为的界限，应当区分损害商誉行为与新闻监督行为、合法投诉行为。对于新闻机构经过正常采访，公开披露、曝光、批评一些商誉不好的经营者和一些消费者通过正常渠道(包括在报纸上刊登文章)反映经营者产品有掺假、低劣现象的行为应予法律保护和支持。这些行为都是合法行为。其法律依据是《最高人民法院关于审理名誉案件若干问题的解释》(1998年3月18日)所作规定：“消费者对经营者产品质量进行批评、评论，不应当认定为侵害他人的名誉权。但借机诽谤、诋毁、损害其名誉的，应当认定为侵害名誉权。新闻单位对经营者、销售者的产品质量或者服务质量进行批评、评论，内容基本属实，没有侮辱内容的，不应当认定为侵害其名誉权;主要内容失实，损害其名誉的，应当认定为损害名誉权。”例如国家有关部门每年组织对化妆品、家用电器等进行质量抽查，并将质量不符合标准的产品及生产企业予以曝光。这些行为从表面上看有损于企业的商誉，但真实的披露有利于公众对企业及其产品的正确评价，有利于维护消费者合法权益，不仅不是损害他人商誉的违法行为，而且还是对社会有益的行为。
2、损害商业信誉、商品声誉罪与诋毁商誉行为的界限
损害商业信誉、商品声誉罪与不正当竞争中的诋毁他人商誉行为都是对从事市场交易的经营者的商业信誉、商品声誉的侵害，具体表现形式相似，但二者存在本质区别：
其一，行为主体。损害商业信誉、商品声誉罪的行为主体是一般主体，既可以是从事市场交易的商品生产者、经营者，也可以是普通的消费者;而不正当竞争中的诋毁商誉的行为主体限于参与市场竞争的商品生产者、经营者。诋毁商誉行为的主体较为确定，《中华人民共和国反不正当竞争法》第2条第2款规定，不正当竞争是指经营者违反本法规定，损害其他经营者的合法权益，扰乱社会经济秩序的行为。第3款对经营者解释为从事商品经营或者营利性服务(以下所称商品包括服务)的法人、其他经济组织和个人。因此，诋毁商誉行为的主体是参与市场竞争、从事相关市场交易活动的行为人，包括法人、其他经济组织和个人。损害商业信誉、商品声誉罪主体相比较而言更为宽泛，不仅包括经营者还包括出于其他目的的非市场竞争的行为主体。
其二，主观方面。损害商业信誉、商品声誉罪主观方面行为人是出于故意，其目的是损害商业信誉、商品声誉。动机多样，既可以是打击竞争对手实力，也可以是报复泄愤、贪图利益等。诋毁商誉行为的主观方面既可以是故意，也可以是过失，行为人一般是出于竞争的动机。
其三，行为性质与法律后果。损害商业信誉、商品声誉罪是对商品生产者、经营者商业信誉、商品声誉造成侵害的犯罪行为，要求行为必须给他人带来重大损害或者造成严重后果，行为人应承担相应的刑事责任;诋毁商誉行为属于经济违法行为，只要一经实施，即构成违法，行为人应承担相应的民事和行政责任。
3、两种损害商誉行为的具体认定
行为人针对个人捏造并散布虚伪事实，影响他人商誉，应如何认定?如果行为人针对以经营者个人，如厂长、经理、职工、个体工商户等，捏造并散布有关商誉的虚伪事实，应认定损害他人的商誉，情节严重者构成损害商业信誉、商品声誉罪。如果捏造并散布的是有关厂长等个人的名誉的虚伪事实，间接影响他人的商誉，并具有重大损失和其他严重情节，构成想象竞合犯，依“从一重罪处理”原则予以处理。
损害商业信誉、商品声誉罪侵害的对象是否应具备特定性，即应否指明某企业、某商品?如果行为人没有提及某个经营者的名称或其商品的名称，但从其捏造并散布的事实的内容上完全能推测出明确指向的应认定为损害了他人的商誉权。应当指出的是，损害商业信誉、商品声誉罪对象既可特指某一个企业、商品，也可以是一类企业、商品。例如，某省洗涤剂厂在所生产和出售的洗衣粉商品包装说明上标示“市场上出售的普通洗衣粉、肥皂均含铝、磷，会诱发老年痴呆症、组织学骨软化、非缺性贫血，助长肺病的发展，”并告诫人们以后不要再去买其他洗衣粉。
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