1、本罪与搜查工作中的错误行为的界限
例如，侦查人员依法搜查时没有请见证人到场，或者没有向被搜查人出示搜查证，搜查妇女身体时不是由女工作人员进行等，属于合法搜查中的错误行为。
2、本罪与非法搜查为手段的其他犯罪的界限
非法搜查罪一般是以目的行为不构成犯罪(如为了查找欠物)为前提的，如果行为人出于其他犯罪目的(如为了抢劫)而对他人人身或住宅进行搜查的，应以目的行为吸收非法搜查行为，按目的行为定罪，如定抢劫罪。
3、本罪与非法侵入住宅罪的界限
两者常常具有一定的牵连关系。当行为人非法侵入他人住宅的目的是为了进行非法搜查时，一般以后一行为吸收前一行为，定非法搜查罪。但是，如果前一行为情节恶劣而后一行为情节一般，则以前一行为吸收后一行为，定非法侵入住宅罪。
4、本罪与抢劫罪、盗窃罪、侮辱妇女罪等的界限
后面这些犯罪在客观方面亦可能采取非法搜查的行为，此时非法搜查仅是实施其犯罪的手段行为，如盗窃犯罪分子在侵入他人住宅后非法翻箱倒柜、盗走他人珍贵物品的，就包括了非法搜查的牵连行为，此时，如果构成他罪的，应择一重罪即后者定罪科刑。倘若不构成他罪，如非法搜查后仅是盗取少量财物，但情节恶劣构成犯罪的，则可以以本罪论处，而把其他行为作为本罪的一个量刑情节予以考虑。
5、本罪与伪造、变造、买卖国家机关证件罪，盗窃、抢夺国家机关证件罪的界限
一般情况下，本罪与后者不会发生混淆。但在伪造、变造或者买卖司法机关的搜查证后又进行非法搜查的，其既触犯本罪与后罪，对之，可以牵连犯择一重罪处罚的原则进行处理。如果行为人出于非法占有的目的，在伪造司法机关的搜查证后又冒充司法人员进行搜查，且劫取他人财物的，则应以抢劫罪定罪科刑，而不是构成本罪，亦不是构成伪造国家机关证件罪等。
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