一、本罪与非罪的界限
1、“情节严重”与“致使国家和人民群众利益遭受重大损害”两个要件必须同时具备，缺一不可，仅“情节严重”但未造成童大损害，或仅造成重大损失，但并非“情节严重”，都不能认定为犯罪。
造成“重大损害”一般是指严重影响当时当地的救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民救济工作，直接导致民政对象的人身伤亡、房屋倒塌、财产损失、牲畜伤亡，以及直接导致大面积粮田病虫害现象，救灾抢险工作不能及时进行而引发的其他自接物质损失。
所谓“情节严重”主要是指具有以下情节：
(1)挪用的抚恤事业费系残废抚恤费、烈军属生活补助费。
(2)挪用的救济费系孤老残幼社会救济费、无生活来源的散居归侨、外侨及其他人员的生活困难补助费、儿童福利院经费。
(3)挪用的救灾款是自然灾害救灾款。
(4)挪用的救灾物资，系食品、药品、医疗器械、生活必需品。
(5)挪用的款物数额巨大的。
(6)多次挪用屡教不改的。
(7)挪用特定款物用于挥霍浪费和高消费性开支的。
(8)挪用外援款物的等。
2、救灾扶贫周转金的性质问题。救灾扶贫周转金又称救灾基金，是指救灾款有偿使用回收本金及其增值部分的资金和其他渠道的社会资金，由各级民政部门掌握并周转使用。在非灾年，救灾扶贫基金常被用来当作一般的生产资金周转，鉴于救灾扶贫基金是基于国家拨给的救灾款实行有偿使用而来的，或以救灾为各项吸引筹集社会资金而形成的，可以视为一种常备的救灾资金，作为救灾特款，专款专用，不得挪用。挪用救灾扶贫基金构成犯罪的，可以挪用特定款物罪论处。
3、“双扶经济实体”中的款物性质问题。“双扶经济实体”即救灾扶贫经济实体，带有福利性质，是民政部门组织的、为灾区群众从事自救性劳务活动，增加收入，增强抗灾自救能力，为贫困地区扶贫经济活动服务的经济组织的统称。“双扶经济实体”的资金来源主要是救灾扶贫周转金和当年救灾款的有偿使用部分，而且这些实体的上缴利润纳人救灾扶贫周转金，周转扶贫滚动使用，所以这类实体中的公共财产实际上是救灾款物的转化形式。对挪用 “双扶经济实体”中的款物行为，以认定为挪用特定款物行为论处为妥。
4、民政事业费相互之间的调剂问题。民政工作中，不但存在救灾费、救济费、抚恤费相互之间替代调剂的情况，而且存在着国家特定款项与其他民政事业调剂使用的现象。这种调剂是否属于挪用性质，回答是肯定的。不但不能拿救灾、救济、抚恤款等特定款物去冲抵其他民政事业开支，而且也不能在特定款物之间随意进行调剂。上述调剂行为本质上都属于挪用行为，违反了国家关于上述款项“专款专用”的规定。但鉴于这种调剂行为是在民政事业费内部进行的调剂行为，具体情况较为复杂，对这些行为不以犯罪论处为妥。
5、境外救灾捐赠资金物资使用中的挪用问题。自1980年起，我国对国际救灾援助政策发生变化，欢迎并接受国际社会向我灾区提供人道性质的援助。境外捐赠的救灾款物，无论通过何种途径，办理了何种接受手续，都属于国家所有的救灾特定款物，不得挪用。其用途由国家规定。来不及等待上级主管部门答复的，也应将款物按国内拨款的救灾款物使用范围使用。按照1991年10月15日民政部《关于安排使用境外捐赠资金存关事宜的通知》规定：如果境外捐赠资金已有明确意向，而这些资金使用意向与我国有关部门规定的资金用途不符时，可以与捐赠方协商解决。如捐赠方坚持某一使用意向，也可以允许。如一些外援捐赠后，执意要将其捐赠的款物用于某一特定项目，如修某段公路，建某所学校，在何地区设所医院等。这种情况下，如果政府方面协商后同意捐赠者的意愿，则其意愿成为法定特定用途，擅自改变上述特定用途，将受捐赠的款物挪为他用，是非法的挪用行为。但对境外捐赠的救灾资金，如果捐赠方无明确意向或其意向与我国有关部门关于救灾款物的使用规定相符合，行为人擅自改变救灾款的救灾扶贫用途，则其行为是挪用特定款物违法行为。
6、关于长效、大件救灾物资的挪用问题。接受捐赠的各类汽车，无论何种车辆，灾情处理阶段过后，都可以归口当地民政部门作为工作车辆，用于非救灾用途的其他民政事业，不存在挪用问题，对于电动机、发电机等机电设备类，以及水上交通工具、排水设备等长效救灾物资，按照民政部《关于救灾物资接收、分发、使用、管理的规定》：“救灾物资应及时收回，暂以地(市)为单位，登记造册，妥善保管，做好建立救灾物资储备仓库的准备。”如果将这类物资不按规定回收，不作为救灾储备物资，而是改作其它公共用途，其性质属于挪用，但鉴于其行为特点，不宜作为挪用犯罪处理。
7、关于救灾保险资金和农村救灾保险超付资金的挪用问题。 民政部门从1988年起，在全国部分地区开展了救灾合作保险试点。救灾合作保险是救灾工作的一项根本改革，以改国家独资救灾为社会集资救灾。按照救灾合作保险的性质和特点，保险金作为救灾资余的一部分，无灾年作为储备资金，并以轻灾年补重灾年，但救灾保险本质上仍属于社会保险的一部分。挪用救灾保险金的行为不宜以挪用特定款物行为处理，可以挪用公款行为对待。农村救灾保险超付资金带有保险金的性质，中央从当年救灾预算中确定一定的额度，作为超付公专项资金，省级从当年救灾款中提取，建立超付专项资金，超付资金事实上已成为国家救灾资金的一部分。超付资金要按照规定专款专用，专户存储，专帐管理。根据农村救灾保险超付资金的特点，应将其视为救灾特定款项。挪用农村救灾保险超付资金，情节严重，造成损失重大的，应以挪用特定款物罪论处。
二、本罪与贪污罪的界限
挪用特定款物罪与贪污罪都侵犯了公共财产所有权，两者的主要区别有：
1、主观目的不同。挪用特定款物罪的主观目的是将特定款物移作他用，用后归还。贪污罪的主观目的是将公共财产据为己有，改变财产所有权，
2、侵犯客体不同，前者既侵犯财产所有权，又侵犯国家财经管理制度，还侵犯了民政事业制度。后者侵犯的客体是公共财产所有权。
3、犯罪对象不同。前者是救灾、救济、抢险、优抚、防汛、扶贫、移民、救济款物。后者则是除此以外的公共财物。
4、主体不同。前者是经手、掌管特定款物的人员。后者是经手、管理公共财物的人员。
5、行为性质手段不同。前者是非法挪用特定款物，后者是利用职务之便非法占有、盗窃、骗取手段侵吞公共财产。
三、本罪与诈骗罪的界限
需要明确的主要是骗取特定款物行为的定性问题。骗取上述款项的行为有两种：一种是不属于优抚对象、救济对象、救灾对象的人员，以编造虚假事实、隐瞒事实真相的方法骗取优抚款、救济款、救灾款的，这种情况构成犯罪的应以诈骗罪处罚。另一种是夸大、谎报灾情及其他属于优抚、救济范围的事实，骗取国家给予较多的优抚、救济、救灾款项。其骗取的款项如果被用作非民政事业用途的其他开支，则可以以挪用特定款物行为定性，情节严重的可以以挪用特定款物罪论处。如果骗取的款项被用于优抚、救济、救灾或其它民政事业，则对行为人宜以违反党纪、政纪追究责任，而不以犯罪论处。
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