一、本罪与一般违法行为的界限
传染病菌种、毒种扩散罪与违反国务院卫生行政部门作出的有关传染病菌种、毒种的实验、保藏、携带、运输的规定的一般违法行为有某些相似之处，如二者都是违反了有关规定，主观上对可能发生或已经发生的危害结果所表现出的心理状态均为过失，等等。
二者的主要界限应从危害结果上把握：前者必须造成了传染病菌种、毒种扩散，并且引发了严重后果;后者则可能是并未引起菌种、毒种的扩散，或者是虽已造成传染病菌种、毒种的扩散，但带来的后果并不严重。
二、本罪与危险物品肇事罪的区分
危险物品肇事罪，是指违反爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蚀性物品的管理规定，在生产、储存、运输、使用中发生重大事故，造成严重后果的行为。其区别表现在：
第一，二者侵害的主要客体不同。本罪侵害的主要客体是国家关于传染病防治的管理制度;而后者侵害的主要客体则是公共安全;
第二，犯罪对象的性质不同。作为危险物品肇事罪的犯罪对象之一毒害性物品应是指敌敌畏、敌百虫、砒霜、氰化钾、氰化钠、氧化乐甲等无机物，强调的是其剧毒性;而传染病菌种、毒种属有机物，其主要特点是传染性，两者存在显著差异。
第三，犯罪主体不同。前者的犯罪主体是特殊主体，即只限于从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员;后者的犯罪主体是一般主体，任何具备刑事责任能力的自然人均可构成该罪。
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