1．划清罪与非罪的界限。
构成本罪，除了要有违反有关动植物防疫、检疫的国家规定的行为外，还必须引起重大动植物疫情的发生或者有引起重大动植物疫情危险且情节严重。如果行为人虽然有逃避动植物检疫等行为，但没有引起重大动植物疫情，或者虽有引起重大动植物疫情危险但情节轻微则不构成犯罪。
2．划清本罪与妨害国境卫生检疫罪的界限。
二者的区别在于：
（1）违反的法律不同。前者违反的是动植物防疫、检疫的国家规定；后者违反的是《国境卫生检疫法》。
（2）检疫的对象不同。前者的检疫对象主要是动植物、动植物产品及其装载容器、包装物，来自动植物检疫区的运输工具，不包括人；后者的检疫对象包括人身及其所带物品，但不包括动植物及其产品。
（3）引起的疫情种类不同。前者引起的疫情主要是动植物疫情，如口蹄疫、焦虫病、猪丹毒；后者引起的疫情是人体传染病，如鼠疫、霍乱、天花、黄热病等。
（4）构成犯罪的结果要件不同。前者必须已经引起重大动植物疫情的结果，或者有引起重大动植物疫情的危险且情节严重，才构成犯罪；后者只要有引起检疫传染病传播的严重危险，就构成犯罪。
该文章《妨害动植物防疫、检疫罪的认定》来源于九九刑法罪名库网，网址：http://www.zmk99.cn/criminal-crimes/c117/4207
