一、本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪的界限
本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪都是与土地管理有关的犯罪。二者的不同在于，
1.客体不同。本罪侵害的是国家对土地特别是农用地进行保护的管理制度;而非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的则是国家对土地使用权合法转让的管理制度。
2.犯罪客观方面不同。非法占用农用地罪是结果犯，表现为违反土地管理法规，非法侵占农用地，数量较大，造成大量农用地毁坏的行为。非法转让、倒卖土地使用权罪则是情节犯，表现为违反土地管理法规，实施了非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。其中非法转让土地使用权，是指以买卖以外的其他形式非法转移土地使用权的行为，也即未按国家法律规定程序办理征用或者划拨手续的行为，或者末按规定权限办理审批手续的土地转让的行为。倒卖土地使用权，包括毫不掩饰和明码标价地将土地卖给他人，而收取价款和以某种形式掩盖其土地买卖的实质而将土地卖给他人的两种行为方式。
3.对二者的处罚虽都采取了判处有期徒刑和罚金的刑罚方法，但前者没有明确确定的罚金标准;而后者则采取的是倍比罚金制的方式以确定罚金的标准。
二、本罪与非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限
此三罪相同之处都是与土地资源有关;并且在主观方面均表现为故意。不同之处表现为：
1.侵害的客体不同。非法占用农用地罪的客体是对农用地的法律保护制度;而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪所侵害的客体均为国家机关工作人员职务行为的廉洁性和正当性。
2.客观方面不同。非法占用农用地罪在客观上表现为违反土地管理法规，非法占用农用地改作他用，数量较大，造成农用地大量毁坏的行为，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪在客观上都表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权。通常表现为弄虚作假，欺上瞒下，掩盖事实真相;或违反《土地管理法》等有关土地管理法规中关于批准征用、占用土地以及出让土地使用权的规定，不正确地行使批准征用、占用土地或者出让国有土地使用权的职权。
3.主体不同。非法占用农用地罪的主体是一般生体，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的主体是特殊主体，即国家机关工作人员。
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