一、区分本罪与非罪的界限
根据本条规定，扰乱军事禁区秩序情节严重的，才构成犯罪。因此，情节是否严重，就成为区分扰乱军事禁区秩序罪与非罪的标准。情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照《治安管理处罚条例》第十九条处罚。
二、区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
主要区别在于，扰乱社会秩序罪侵犯的客体是特定的党政机关、企业、事业单位与人民团体的工作、生产、营业、教学和科研秩序，而扰乱聚众冲击军事禁区罪则是军事禁区的管理秩序。
三、聚众冲击军事禁区罪与聚众冲击国家机关罪的界限
聚众冲击国家机关罪，是指聚众冲击国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是侵犯的客体不同，前者侵犯的直接客体是军事禁区秩序，后者侵犯的直接客体是国家机关工作秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事禁区，后者的犯罪对象是除军事机关外的其他国家机关工作区。
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