一、区分罪与非罪的界限
一是切实查明行为人是自伤还是误伤。误伤是行为人因过失而伤害自己的身体，这与战时自伤罪是故意伤害自己身体的主观特征不符，因此不能以战时自伤罪追究刑事责任。但在司法实践中，实施自伤的行为人为了逃避法律制裁，往往都把自己的行为说成误伤。对此，应认真分析行为人致伤前的表现，致伤的时间和环境，致伤的工具、部位和伤情，致伤后的言行等全案事实和情节，准确认定其性质。
二是行为人是否具有逃避军事义务的目的。如果行为人自伤身体的目的不是为了逃避军事义务，而是为了骗取荣誉或掩盖失误，则不构成战时自伤罪。如有一名哨兵在站岗时睡觉，致使由其警卫的雷达被敌人破坏。该哨兵为了掩盖过错，减轻责任，向自己腿上连开两抢，谎称自己也被敌人打伤。这个士兵虽然实施了自伤行为，但因其不是为了逃避军事义务，而是为了掩盖过错，所以不能以战时自伤罪论处。
二、本罪与军人违反职责罪中其他犯罪的竞合
行为人在实施投降、战时违抗命令、战时临阵脱逃、违令作战消极等犯罪时，可能会采取自伤身体的方法来达到犯罪目的，如行为人在被敌人包围的情况下自伤身体，以此来放弃抵抗，向敌人投降，或者行为人在部队向敌人发起冲击时自伤身体，以此来逃避随部队进攻敌人等。在这种情况下，行为人的自伤行为与其欲实施的其他犯罪行为发生竞合。对此应按照处理想象竞合犯的原则，以较重的罪名论处，不再定战时自伤罪，但应将自伤行为作为其他犯罪从重处罚的情节。
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