一、本罪与非罪的界限
1、划清妨害公务罪与人民群众抵制国家工作人员违法乱纪行为的界限。极少数国家机关工作人员，在执行公务过程中，假公济私，滥用职权，违法乱纪，损害群众的利益，引起公愤，群众对之进行抵制、斗争是应当支持、引导的。
2、划清妨害公务罪与人民群众因提出合理要求，或者对政策不理解或者态度生硬而与国家机关工作人员发生争吵、围攻顶撞、纠缠行为的界限。群众围攻、顶撞国家工作人员，通常是由于群众对国家工作人员依法宣布的某项政策、决定、措施不理解，有意见，向国家工作人员提出质问，要求说明、解释、答复、由于情绪偏激、态度不冷静、方法不得当而形成的村国家工作人员的围攻、顶撞行为。在围攻、顶撞过程中，常伴有威胁性语言和类似暴力的推擦、拉扯行为，在客观上妨害了公务。
二、本罪与分裂国家罪、武装叛乱、暴乱罪、颠覆国家政权罪等危害国家安全罪的界限
二者具有某些共同点，如都危害了国家利益，都必然会对国家的正常管理活动造成干扰和破坏;在行为方式、行为指向上有一些交叉;主体都是一般主体;主观方面都是出自故意。二者的区别点在于:
1、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则是国家安全。
2、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员;后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性。
在犯罪方法上，前者通常必须以暴力、威胁方法实施;后者则不限于此，以和平演变等方式危害国家政权、破坏国家统一的，也构成犯罪(武装叛乱、暴乱罪除外)。最后，从犯罪的危害结看，前者系刑法理论中的抽象危险犯或实害犯，对于后一情形，必须以造成实际危害后果且达严重之程度为必要;后者则系行为犯，即一经实施即达既遂，并不要求发生现实的危害结果，也不需要考察行为是否已引致危害国家安全的危险。
3、从犯罪主体来看，二者虽都可由任何具备刑事责任能力的自然人构成，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家重要职位，具有较大政治影响力的人;而前者的主体多见为普通公民。
4、犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此;后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。在实践中，会遇有危害国家安全的犯罪分子以暴力、威胁方法妨害、抗拒国家机关工作人员或红十字会工作人员依法执行公务的情形，这是妨害公务罪与分裂国家罪、武装叛乱、暴乱罪、颠覆国家政权等罪的法规竞合犯，对之应按法规竞合犯的基本法律适用规则――重法优于轻法，以后者论处。
三、妨害公务罪与聚众阻碍解救被收买的妇女、儿童罪的界限
二者在犯罪构成上的区别比较容易认识:
1、犯罪的主要客体不同。前者系妨害社会管理秩序罪，侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则属侵犯公民人身权利罪，侵害的主要客体是被拐卖、收买的妇女、儿童的人身自由权。
2、犯罪的客体要件不同。前者通常表现为以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务或红十字会工作人员依法履行职责的行为，聚众不聚众均无不可;后者则只能是以聚众方式阻碍国家机关工作人员解救被收买的妇女、儿童的行为，至于犯罪方法，则不以暴力、威胁为必要，以非强制手段进行的，也可构成犯罪。对于少数人(3人以下)以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员解救被收买的妇女、儿童的，应依照本法第242条第l款和第277条第1款的有关规定，以妨害公务罪论处。
3、犯罪的主体不同。前者的主体是一般主体，任何具备刑事责任能力的自然人均可构成该罪;后者则是特殊主体，只有在聚众阻碍解救被收买的妇女、儿童的活动中起组织、策划、指挥作用的首要分子才能成为其主体。对于其他参与阻碍活动，若未使用暴力、威胁方法的，应依法不认定为犯罪;如使用暴力、威胁方法的，则应根据本法第242条第2款后半段的规定以妨害公务罪论处。此外，二者在犯罪主观方面也有一些差别。
四、本罪与拒不执行判决、裁定罪的区别
拒不执行判决、裁定罪，是指对人民法院的判决、裁定有能力执行而拒不执行，情节严重的行为。妨害公务罪与拒不执行判决、裁定罪有一定的相似之处，表现在:
其一，两者都有可能是妨害国家机关正常行使职权、发挥职能的行为;
其二，二者都是故意犯罪，且都有可能存在对抗国家公务活动的故意;
其三，当拒不执行判决、裁定罪表现为行为人以暴力、威胁方法阻碍人民法院的强制执行活动时，其客观行为表现就与妨害公务罪完全相同。
二者相区分的关键在于其犯罪的客观方面、犯罪主体不同:妨害公务罪通常必须是以暴力、威胁方法实施，且行为人侵害公务人员的行为必须发生在后者依法执行公务期间，而拒不执行判决、裁定罪则不要求必须使用暴力、威胁的方法，可以是能够损害法院裁判约束力、权威性的任何方法，比如欺骗隐瞒、消极抵制、无理取闹等等;而且，拒不执行判决、裁定罪也不要求必须发生在人民法院依法执行职务期间;妨害公务罪的主体是一般主体，而拒不执行判决、裁定罪的主体则是特殊主体，即必须具有执行判决、裁定义务的当事人或者依照法律对判决、裁定负有协助执行义务的人。
妨害公务罪与拒不执行判决、裁定罪而言，前者应系普通法，后者应系特别法。故对这类案件应该依本法第313条的规定，以拒不执行判决、裁定罪定罪量刑。
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