二者作为均以分裂国家为其最终目的的犯罪行为，煽动分裂国家罪是指以语言、文字、图画或者其他方式，鼓动、刺激、怂恿、引诱、激励他人实施分裂国家、破坏国家统一的行为，它与分裂国家罪在表现形式上有许多相似甚至相同之处，如它们侵犯的同类客体都是国家安全，其直接客体都是国家的统一；它们都以法定危害行为的实行而不以为危害国家安全的结果作为犯罪成立的要件；它们在主观方面都是出于直接故意，并且这种故意都是就危害行为本身而非其行为结果的态度而言的；它们的最终目的都是分裂国家、破坏国家统一。从行为之间的关系而言，煽动分裂国家的行为属于分裂国家的教唆或者帮助行为，如果刑法不另行设立煽动分裂国家罪，其煽动行为得以分裂国家罪的共犯论处，但既然刑法已将其规定为一种独立的犯罪行为，它与分裂国家罪即具有原则性的不同：
1、就客观方面的行为方式而言，分裂国家罪是指组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一；而煽动分裂国家罪的行为方式系通过语言、文字、图象、网络或者其他方式煽动他人实施分裂国家、破坏国家统一，使没有分裂国家意图的人产生分裂国家的犯罪决意，或者刺激、助长、坚定其已产生的分裂国家的犯罪决意。煽动者并不需要亲自实施分裂国家的行为，被煽动者是否接受煽动从而实施分裂国家、破坏国家统一的行为，并不影响煽动分裂国家罪的成立。同时，此处的“煽动”应当排除分裂国家罪中的“组织”、“策划”行为中所包容的“煽动”内容，因为有时候的组织、策划分裂国家的行为也是以煽动分裂国家的行为为内容的。
2、就犯罪主体而言，分裂国家罪既包括首要分子和罪行重大者，又包括积极参加者和其他参加者；而煽动分裂国家罪仅仅包括首要分子和罪行重大者，并不处罚其他参加者，甚至积极参加者亦不构成煽动分裂国家罪。这是因为，煽动分裂国家罪仅仅是分裂国家罪的教唆或者帮助行为，如果属于首要分子和罪行重大者，应当予以刑事处罚；如果系其他参加者，则由于其社会危害性尚未达到应受刑罚处罚的程度，因而刑法不予干涉。
3、就故意的内容而言，分裂国家罪的行为人具有分裂国家、破坏国家统一的直接故意，即认识到自己的行为是组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一并积极而为；而煽动分裂国家罪的行为人所具有的仅仅是煽动他人分裂国家的直接故意，即认识到自己的行为是在煽动他人分裂国家而积极实施，并无具体的分裂国家的法定行为，即认识到自己的行为是在引起他人实施分裂国家的具体行为，并且希望和积极促成该行为的完成。
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