1、本罪与非罪行为的界限
在此问题上，特别应注意划清本罪与一般群众闹事的界限。本罪的行为人具有破坏人民民主专政的政权和社会主义制度的目的。而一般的群众闹事的起因往往是由于对党和国家的某些政策不了解，或者提出的某些要求和愿望未能得到满足，或者有关部门对某些问题处理不当致使矛盾激化等，但都不具有危害国家安全的目的。有的群众闹事事件也会出现一些冲击国家机关，殴打国家机关工作人员或者毁坏财物等过激行为，甚至还会混入个别具有危害国家安全意图的犯罪分子借机煽动，进行犯罪活动。对此情况，要明确整个事件的实质，做到区别对待。对于群众闹事应以说服教育为主，对于个别借机进行犯罪活动并已构成犯罪的行为人，依法予以惩处。
2、犯罪既遂与未遂的界限
只要行为人实施了组织、策划、实施武装叛乱、暴乱的行为，就构成本罪的既遂。本罪不存在未遂的问题。
3、一罪与数罪的界限
在武装叛乱、暴乱犯罪过程中，往往同时具有杀人、伤害、抢劫、放火等破坏活动，这些行为已被涵盖于本罪武装叛乱、暴乱的实行行为之中，尽管形式上触犯了其他罪名，并不构成数罪，而只能按本罪一罪处罚。但是，如果叛乱、暴乱分子在叛乱、暴乱之外又实施其他危害国家安全行为的，如投敌叛变等，则构成数罪并应予以并罚。
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