两者都是危害国家安全的犯罪，都与境外有联系，但两罪有明显的区别。
1、犯罪的直接客体不同。投敌叛变罪的直接客体是人民民主专政的政权和社会主义制度，后罪的直接客体是狭义上的国家安全，而不是直接指向人民民主专政和社会主义制度。
2、犯罪客观特征不同。投敌叛变罪是投降敌人或投奔敌人，进行危害国家安全的活动，这是本罪唯一的表现形式，亦即本罪行为人为之效力的只能是敌人，即敌对势力，包括国内的和国际的。间谍罪的行为内容则包括三种，即参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的间谍活动任务;为境外机构、组织、人员窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或者情报;为敌人指示轰击目标。可见，间谍罪的行为人为之效力的既可以是敌对国家或势力，也可以不是敌对国家或势力。
3、犯罪主体不同。投敌叛变罪主体只能是中国公民，后罪则也可以是外国人、无国籍人。
4、犯罪主观方面不同。投敌叛变罪有特定的目的，而间谍罪没有特定的目的。
在国内大陆上与海外敌对势力建立联系，参加其组织，接受其指挥，潜伏在大陆进行颠覆、破坏的，也是投敌叛变的行为。这种情况下，如果该组织是间谍组织，则构成想象竞合，应按择一重罪处断的原则处罚。
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