1、重大责任事故罪与自然事故的界限
所谓自然事故，是因不依人的意志为转移的自然原因而造成的事故，如雷电、暴风雨造成电路故障而引起的人员伤亡或经济损失。如果无人违章，纯属自然事故，不构成犯罪。如果违章行为。与自然事故相竞合，如离岗时不按规定关机，遇雷击而造成重大经济损失的，构成重大责任事故罪，而不是单纯的自然事故。
2、重大责任事故罪与技术事故的界限
所谓技术事故，是指由于技术手段或者设备条件所限而无法避免的人员伤亡或经济损失。在生产和科学实验中，总会因现有科技水平和设备条件的限制，不可避免地出现事故，造成一些损失，这不是犯罪问题，但是，如果凭借现有的科技和设备条件，经过主观努力本来可以避免事故的发生，而由于疏忽大意未能避免的，则可能构成重大责任事故罪。
3、在认定重大责任事故罪的时候，存在一个如何正确认识风险业务的问题。
某些业务不可避免地带有一定风险，此为风险业务。在当前高科技的情况下，风险业务也随之增加。根据传统的过失理论，当行为人认识到自己的行为可能发生危害结果时，应立即停止这一行为。否则，便为违反注意义务的行为，即违反回避危害结果的义务。所以，对这类业务活动应当禁止。否则，发生损害结果的，就会以过失犯罪论处。显然，这种做法虽然能够回避风险，但却不能促进社会生产的发展，不利于科学技术的进步。在这种情况下，在刑法理论上提出允许的危险的理论，在一定程度上限制过失犯罪的成立范围。这里所谓允许的危险，指某种具有危害倾向的行为，因有益于社会而允许其实施的合法行为。允许的危险的意义在于，一是一定程度上免除开办风险业务的组织者、管理者的过失责任;二是一定程度上免除从事风险业务的业务人员的过失责任。由于重大责任事故罪一般均发生在风险业务领域，因此在认定本罪的时候，应当正确地适用允许的危险这一理论，作为区分罪与非罪的界限。
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