1、本罪与一般生产、销售不符合卫生标准食品行为的界限。
一是主观要素不尽相同。前者行为人在主观上都是出于故意，而且具有牟利目的;而后者在主观上是否出于故意还是过失，有无牟利目的，均不影响其构成。二是情节是否严重不同。前者具有“足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾患”，或“对人体健康造成严重危害”等情节;而后者则不具有这些情节。三是危害社会程度不同。前者严重侵犯食品卫生管理制度，危害不特定多数人的健康权利甚至生命安全，对社会危害较大;而后者一般仅给食品卫生管理制度和消费者健康权利造成一定侵害，对社会危害相对较小。
2、本罪与生产、销售有毒有害食品罪的界限。
两罪同属食品方面的犯罪，在犯罪客体、主体及主观方面都是相同的。两罪的主要区别为：一是行为方式不同。前者在客观上表现为实施生产、销售不符合卫生标准的食品的行为。后者在客观上表现为实施在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品原料的食品的行为。二是构成标准不同。前者属于危险犯，即行为人生产、销售不符合卫生标准的食品，须达到“足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾患”程度，才构成犯罪;后者属于行为犯，即只要行为人实施了在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知是掺入有毒、有害的非食品原料的食品的行为，即构成犯罪既遂。三是犯罪对象不同。前者的犯罪对象范围较为广泛，其包括食品卫生法禁止生产经营的一切不符合卫生标准的食品;后者的犯罪对象仅限于有毒、有害食品。
3、本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限。
这两罪关系密切，并在一定条件下发生竞合。两罪的主要区别在于：一是犯罪对象不尽相同。前者的犯罪对象是不符合卫生标准的食品，即劣质食品;后者的犯罪对象是伪劣产品，其既包括不符合卫生标准的劣质食品，也包括其他伪劣产品。这里需指出，现实生活中这两种犯罪所指向的对象在形式上可能相同，从而决定了两罪在本质上的界限。二是行为方式不尽相同。前者在客观上表现为实施了生产、销售不符合卫生标准的食品的行为;后者在客观上则表现为在产品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好或以不合格产品冒充合格产品并予以销售的行为。三是构成标准不同。前者属于“危险犯”，只要行为人生产、销售伪劣产品不符合卫生标准的食品，足以造成严重食物中毒事故或者严重食源性疾患的，即构成犯罪;后者属于“结果犯”，行为人生产、销售伪劣产品销售金额应达到5万元以上的，才构成犯罪。
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