司法机关认定走私废物罪时，应当注意以下几个问题：
一、划清走私废物罪与非法处置进口的固体废物罪的界限。两者的区别是，前者逃避海关监管，后者则不逃避海关监管;前者处罚的是走私行为，后者处罚的是将固体废物在我国境内倾倒、堆放、处置的行为。因此，如果行为人走私固体废物并在我国境内倾倒、堆放、处置的，则既构成走私废物罪，又构成非法处置进口的固体废物罪，应当实行并罚。
二、走私废物罪口用作原料，必须经国务院有关部门批准。
三、本罪属概括性罪名而非选择性罪名。主要考虑：一是罪状与罪名有密切联系，必须严格根据刑法分则条文中对罪状的描述来确定罪名。但罪状并不等于罪名，罪状包含在刑法分则条文规定的罪状之中，是对某种犯罪的本质特征或者主要特征的高度概括。罪状与罪名是内容与形式的关系。本罪的罪状是：“逃避海关监管，将境外固体废物、液态废物和气态废物运输进境，情节严重的”，而“走私废物罪”就是对本罪主要特征的高度概括。二是选择性罪名属于性质相同的犯罪。某一种行为虽然触犯某种犯罪的进口固体废物罪”的用语不一致，主要由于刑法对后两种犯罪的对象作了特别规定。
四、根据刑法第一百五十六条的规定，与走私废物的犯罪分子通谋，为其提供贷款、资金、账号、发票、证明，或者为其提供运输、保管、邮寄或者其他方便的，以走私废物罪的共犯论处。
五、根据刑法第一百五十七条第二款的规定，以暴力、威胁方法抗拒缉私的，以走私废物罪和妨害公务罪实行数罪并罚。
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