一、本罪与非罪的界限
正确区分本罪与一般背信经营行为的界限，主要应从三个方面考察：
第一，看行为人是否利用了职务便利。如果行为人没有利用职务便利，即使对其亲友所进行的经营活动提供了帮助，也不能以本罪论处。
第二、看行为人通过实施背信经营行为而使国家利益遭受的损失是否达到重大，如果行为人的背信经营行为未使国家利益遭受的损失达到重大的程度，就不能以本罪论处。数额是否巨大不是构成本罪的必要要件，因为本条中并无行为人非法获利及其数额大小的规定，而只有行为人利用职务便利，实施背信经营行为，使国家利益遭受重大损失或特别重大损失的规定，因此，划分本罪与非罪的界限，其标准之一，应为行为人实施背信经营行为而使国家利益遭受的损失是否达到重大或特别重大。在这里，国家利益遭受的重大损大与行为人非法获利数额巨大或数额单位采取高价采购或低价销笛雨品其至宋购门巳亲灰经营管埋叩位的不合格询品、从而将求伎经营的损失转嫁给电仙、造成的损失数额巨大，显然是不同的犯罪结果，不应混为一谈。
第三，背信经营罪的犯罪主体为特殊主体，即国有公司、企业、事业单位工作人员，除此以外人员的背信经营行为不构成本罪，对于他们的背信经营行为只能追究其民事责任和行政责任。如果构成侵占或者其他犯罪的，应以相关犯罪论处。
二、本罪与其他罪的界限
本罪与非法经营同类营业罪在客观方面都利用了职务便利，主观方面都出于故意，但这两个罪是两种不同性质的犯罪，它们的区别表现在：
1、犯罪主体不同。本罪的主体是国有公司、企业、事业单位的工作人员，而非法经营同类营业罪的主体是国有公司、企业的董事和经理。
2、客观方面不同。本罪在客观方面，所实施的行为表现为利用职务便利，将本单位的盈利业务交由自己的亲友经营，或者以明显高于市场的价格向自己的亲友进行经营管理的单位采购商品或者明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品，或者向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品，而使国家利益遭受重大损失或特别重大损失。而非法经营同类营业罪在客观方面则表现为行为人利用职务便利，为自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的行为。在此，两罪虽同为结果犯，但犯罪结果有所不同，本罪的犯罪结果为使国家利益遭受重大损失，而非法经营同类营业罪为行为人获取非法利益数额巨大。
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