一、本罪与偷税罪的界限
两罪同属危害税收犯罪，但在犯罪构成诸要件方面有着显著区别：
1、在犯罪客观方面，偷税罪通常是纳税人在商品的国内生产、销售环节，实施伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，拒不申报纳税或者进行虚假纳税申报等手段，逃避应缴纳的税款，骗取出口退税则是行为人在商品的出口环节，采取假报出口或者其他欺骗手段，骗取国家的出口退税款。应当注意的是，在商品的出口环节，只有行为人在根本没有出口货物，而采取假报出口或者其他欺骗手段骗取出口退税款的，才能构成骗取出口退税罪。对有些纳税人虽有商品出口，而采取在数量上以少报多，在价格上以低报高等欺骗手段骗取出口退税款的，应当按照本条第2款的规定，分别情况进行定罪处罚：(1)对纳税人骗取税款未超过其所缴纳的税款的，应以偷税罪定罪处罚;(2)纳税人骗取税款超过其所缴纳的税款的，对超过的部分，应以骗取出口退税罪定罪处罚：并可适用数罪并罚。
2、在犯罪主体方面，偷税罪是特殊主体，通常只能由纳税人(包括自然人和法人)构成，并且突出表现在该纳税人必须对其所偷税款负有纳税的义务。骗取出口退税罪是一般主体，可由纳税人构成，也可由非纳税人构成，并且突出表现在该行为人通常不是其所骗税收的纳税人。
3、在犯罪的主观方而，骗取出口退税罪与偷税罪同为故意犯罪，但两者的犯罪目的各不相同。偷税罪的目的，是行为人在有纳税义务的情况下，不缴或少缴税款、逃避纳税义务。骗取出口退税的目的，则是行为人在未实际履行纳税义务的情况下，从国家的出口退税款中获取非法利益。
二、本罪与诈骗罪的界限
诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为，欺骗性是该罪的本质特征。骗取出口退税罪是指单位或个人以骗取国家出口退税款为目的，采用虚开增值税专用发票、搞假货物报关出口骗取货物出口报关单、内外勾结提供出口收汇单证等欺骗手段、非法组织虚假的出口退税凭证，在根本未交纳税款的情况下，从税务机关或出口企业骗取出口退税款的行为。因此、骗取出口退税行为实质上是一种诈骗的行为。近些年来、诈骗犯罪的手段越来越多，诈骗的对象也越来越厂，如信用证诈骗、金融票据诈骗、保险诈骗、合同诈骗、骗取出口退税等，为了有效地惩治这些把罪行为，本法分别单独规定了罪名和法定刑。按照特别规定优于普通规矩的惊则，凡符合骗取出口退税犯罪构成要件的，直接以骗取出口退税定罪处罚，不再以一般诈骗罪定罪处罚。
三、本罪与虚开增值税专用发票罪的界限
虚开增值税专用发票罪是指单位和个人违反国家税收征管和发票管理制度，为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人勂开增值税专用发票的行为，骗取出口退税罪与虚开增值税专用发票罪同属危害税收征管类犯罪，两罪既有区别、又有联系。
首先其区别主要表现在客观方面，即犯罪手段不同。虚开增值税专用发票的客观方面，表现为行为人在商品的国内生产、销售环节实施为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票的行为，骗取出门退税罪的客观方面则表现为行为人在商品的出口环节实施假报出门或者其他骗取出口退税款的行为。其联系主要表现在，虚开增值税专用发票罪本身是行为人实施骗取出口退税罪的重要手段之一，骗取出口退税罪的实施又以行为人实施虚开增值税专用发票罪为必要的环节，可见，骗取出口退税罪与虚开增值税专用发票罪之间存在着密切的牵连关系，当行为人将虚开的增值税专用发票用于向税务机关申请出口退税，数额较大时，该行为人就同时触犯了骗取出口退税和虚开增值税专用发票两个罪名;但在处理时可按其中的一个重罪定罪，从重处罚，不适用数罪并罚。当然、如果行为人未将虚开的增值税专用发票用于申请出口退税，而是用于申请抵扣税款或者非法出售，则不能构成骗取出口退税罪，而应当按照虚开增值税专用发票罪和偷税罪或非法出售增值税专用发票罪之中的一个重罪从重处罚。
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