1、罪与非罪的界限
有无严重后果发生，是本罪与非罪行为的分水岭。如果对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，或者对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，或者故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，计算机病毒等破坏性程序尚处于潜伏期，虽然可能占用了一定的系统资源，但没有造成严重后果的，均不构成本罪。这就是说，从这种高科技犯罪的特点上考察，本罪不存在预备犯、未遂犯和中止犯三种犯罪未完成形态。因为在没有发生严重后果的情况下，认定行为人主观方面的罪过形式存在一定的难度，容易将技术水平不高或操作失误的行为作为犯罪来处理，可能扩大打击面，同时也不利于计算机技术的普及和我国信息产业的发展。
2、本罪与非法侵入计算机信息系统罪的界限
两者的区别在于：①侵犯的行为对象不同。本罪的行为对象是所有的计算机信息系统;后者局限于国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统。②行为的方式和内容不同。本罪可以在合法使用的或非法侵入的计算机信息系统上实施破坏行为，后者的行为只能是非法侵入，不实施破坏计算机信息系统的行为。③对危害后果要求不同。本罪以后果严重为成立犯罪的必要条件，属于结果犯;后者不要求严重后果发生，属于行为犯。④犯罪动机、目的不同。本罪行为人在主观上具有破坏系统完整性的目的或放任这一危害结果发生的心理状态，而非法侵入计算机信息系统罪的行为人，则并不希望计算机信息系统受到破坏。⑤本罪具有基本罪和重罪两个构成类型，法定最高刑为十五年有期徒刑;后者是单一的构成类型，法定最高刑为三年有期徒刑。
3、本罪与利用计算机技术实施其他犯罪的界限
利用计算机犯罪作案动机多种多样，有盗用、伪造客户网上支付账户的犯罪;电子商务诈骗犯罪侵犯知识产权犯罪;非法侵入电子商务认证机构、金融机构计算机信息系统犯罪;破坏电子商务计算机信息系统犯罪;恶意攻击电子商务计算机信息系统犯罪;虚假认证犯罪;网络色情、网络赌博、洗钱、盗窃银行、操纵股市等。目前我国刑法中规定的绝大多数犯罪行为，基本上都可以利用网络来实施。
按照《刑法》第287条之规定“利用计算机实施金融诈骗、盗窃、贪污、挪用公款、窃取国家秘密或者其他犯罪的，依照本法有关规定定罪处罚”，不以破坏计算机信息系统罪论处。因此，应认真考察破坏计算机信息系统的行为人的主观状态，明析破坏行为是否构成实施其他犯罪的手段，对于利用计算机技术实施其他犯罪同时又造成计算机信息系统损坏的，以结果行为吸收手段行为，对其结果行为进行定罪。
4、本罪与破坏生产经营罪的界限
《刑法》第276条规定:“由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。”当行为人以泄愤报复为动机，通过破坏计算机信息系统，造成了严重后果时，构成破坏计算机信息系统罪与破坏生产经营罪的法条竞合，应按重法优于轻法的原则处理。
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