一、本罪与违反治安管理行为的界限
两者在表现形式上可能是相同的，都是扰乱了国家机关、团体、事业单位的秩序，致使工作、生产、营业、教学、科研不能正常进行。两者的主要区别是情节是否严重，是否使国家和社会遭受严重损失。如尚未造成严重损失的，是一般违反治安管理行为，应给予治安管理处罚。
由于领导上的官僚主义，对涉及群众利益的事处理不当或者工作上的缺点失误，以致引起群众闹事、闹学潮或罢工等，要进行深入细致的思想政治工作，要与聚众扰乱社会秩序罪加以区别，对于借学潮、罢工之机，故意歪曲党的方针政策，煽动群众，提出无理要求，破坏社会正常秩序，符合本条规定的，则构成本罪。
二、本罪同妨害公务罪的界限
1、前者侵害的对象是国家机关、企事业单位和人民团体;后者侵害的对象是特定的国家工作人员。
2、前者是聚众进行;后者可以是单个人进行。
3、前者不限于采用暴力、威胁的方法;后者采用暴力、威胁的方法。
三、本罪与聚众冲击国家机关罪的界限
聚众冲击国家机关的行为原本属于扰乱社会秩序的行为的一种，本法鉴于国家机关正常活动对于维护社会稳定的重要性，将其单独规定为一罪。两罪的犯罪客体不同。本罪客体是企事业单位、社会团体的正常活动秩序。聚众冲击国家机关罪的客体是国家机关的正常活动;两罪的犯罪对象不同，聚众冲击国家机关的犯罪对象仅限于各级各类国家机关，本罪的犯罪对象是国家机关以外的其他企事业单位、社会团体。
四、与聚众扰乱公共场所、交通秩序罪的界限
本罪与上述两罪的主体、客观方面均十分相似，主要区别在于上述两罪发生在车站、码头、民用航空站、商场、公园等公共场所，破坏的是公共场所的秩序;本罪发生在企事业单位、社会团体所在地，破坏的是这些单位的工作、生产、教学、科研秩序。上述两罪行为人必须同时具有抗拒、阻碍国家治安管理工作人员依法执行职务，情节严重的情节，本罪毋须具有，实践中往往由于有些企事业单位社会团体所在地本身处于或靠近车站、码头、民用航空站、公园等公共场所，所以行为人聚众扰乱社会秩序时会造成公共场所秩序遭到破坏、交通秩序遭到破坏的后果;也可能在行为人聚众实施上述两罪时导致这些企事业单位、社会团体无法工作，造成严重损失。实践中可以从犯罪目的着手加以区别。一般来说，本罪行为人目的是直接针对特定的企事业单位、社会团体的，而上述两罪行为人并不以扰乱特定单位工作秩序为目的，对于前一种情形应以本罪论处，造成公共场所秩序、交通秩序混乱的后果应作为衡量情节是否严重的因索之一。对于后一种情形，如果行为人主观上构成间接故意、客观上造成严重损失的，应按吸收犯处理，以本罪论处;如果行为人对致使企事业单位、社会团体无法工作，造成严重损失，主观上属于过失的，不构成本罪，但应将这一危害后果作为量刑时的考虑因索。
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