一、本罪与非罪的界限
可以从两个方面对其加以区分：
1、看其掘取古文化遗址、古墓葬行为是故意实施的还是过失实施的，如果属于过失行为则不构成犯罪。
2、看其掘取古文化遗址、古墓葬行为是否经过了国家文化主管部门的批准，如果属于经过批准的行为，即便在掘取过程中造成古文化遗址、古墓葬毁坏的，一般也不构成犯罪，如果情节严重的可以按玩忽职守罪等其他罪论处。
二、本罪与盗窃罪的界限
1、侵犯的客体不同。盗掘古文化遗址、古墓葬罪侵犯的客体是复杂客体，即国家对古文化遗址、古墓葬的管理制度和国家的财产所有权;而盗窃罪侵犯的是单一客体，即公私财产所有权。前者侵犯的对象是古文化遗址、古墓葬，是不可再生物，一般是不能以金额计算的，一旦遭到破坏，损失无法挽回;后者侵犯的对象是一般的公私财物。
2、客观表现不同。前者表现为违反文物保护法规，未经国家文化主管部门批准，私自挖掘古遗址、古墓葬的行为，其行为方式可以是秘密的，也可以是公开的，而且不论是否窃得文物，只要实施了盗掘行为，就构成本罪。后者则表现为秘密窃取公私财物，构成犯罪必须以盗窃数额较大为前提，如果未窃取到财物，就是盗窃未遂。
三、本罪与故意损毁文物、故意损毁名胜古迹罪的界限
1、犯罪对象不同。盗掘古文化遗址、古墓葬罪限于古文化遗址、古墓葬;故意损毁文物、名胜古迹罪对象则限于珍贵文物、名胜古迹。
2、在客观方面，盗窃古文化遗址、古墓葬罪表现为私自掘取的行为，其行为方式多为秘密的;故意损毁文物、名胜古迹罪则表现为损毁行为，其具体表现形式多种多样，包括捣毁、损坏、污损、拆除、挖掘、焚烧等行为。
3、在主观方面，盗掘古文化遗址、古墓葬罪一般具有非法占有古文化遗址、古墓葬中文物的目的，故意损毁珍贵文物、名胜古迹罪则只是出于损毁的故意，其动机可能多种多样，但并无对文物非法占有的目的。
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