一、罪与非罪的界限
行为人实施阻碍军事行动的方法，可以采用放火、决水、爆炸、投毒，破坏交通工具、破坏交通设施，破坏通讯设备，侵入国防建设领域的计算机信息系统，冲击军事机关，抢夺、抢劫枪支、弹药、爆炸物，杀人、伤害、绑架、非法剥夺人身自由等等，此时又会触犯其他罪名，对之应当以本罪与他罪中的一重罪处罚，而不实行数罪并罚。
本罪以故意阻碍武装部队军事行动，并造成严重后果作为犯罪构成要件。因此，过失阻碍武装部队军事行动不构成犯罪；虽然是故意阻碍武装部队军事行动，但未造成严重后果的，也不构成犯罪。从司法实践看，阻碍武装部队军事行动，往往由少数人煽动、蒙骗一些不明真相的人参与。对那些受蒙骗参与一般活动的人员，也不能按犯罪处理。
三、本罪与阻碍军人执行职务罪的界限
两罪在犯罪主体、主观方面相同。其主要区别在于：(1)犯罪对象不同，前者的犯罪对象是武装部队，后者的犯罪对象是军人，是武装部队中执行某一项任务的少数人。(2)侵犯的客体不同。前者侵犯的直接客体是武装部队的军事行动，后者侵犯的直接客体是军人依法执行职务的活动。(3)犯罪的客观方面不同。前者的犯罪手段可以多种多样，但采取什么手段并不是犯罪构成的要件，后者以采用暴力、威胁方法作为犯罪构成要件；前者以造成严重后果作为犯罪构成要件，后者则没有把行为造成的后果作为犯罪构成要件。
三、以武装叛乱、暴乱方式阻碍军事行动的行为的性质的认定
以武装叛乱、暴乱方式阻碍军事行动，属于牵连犯，应按照处理牵连犯的原则，从一重处罚，即以武装叛乱、暴乱罪定罪处罚。如果在阻碍军事行动过程中，策动、勾引、收买武装部队人员进行叛乱，则应分别以阻碍军事行动罪和武装叛乱罪定罪处刑，并实行数罪并罚。
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