一、区分本与非罪的界限
主要是区分本罪与工作失误的界限，因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与本罪有相同之处，但两者有严格的区别：(1)客观行为特征不同，工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务；而国家机关工作人员签订、履行合同失职罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务；(2)导致发生危害结果的原因不同，工作失误是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不离，业务素质较差、缺乏工作经验、因而计划不周，措施不当，方法不对、以致在积极工作中发生错误，造成国家利益遭受重大损失，而国家机关工作人员签订、履行合同失职罪，则是违反工作纪律和规章、严重官僚主义、对工作极端不负责任等行为造成国家和人民利益遭受重大损失，在当前经济改革、对外开放，对内搞活的实践过程中，出现一些失误、造成某些严重的损失是难免的，这主要是总结经验教训的问题，必须与国家机关工作人员签订、履行合同失职罪严格区别开来，但对于那些在国家法律政策不允许的情况下，借口改革，盲目决策，管理混乱，给国家和人民的利益造成重大损失的，绝不能以工作失误来蒙混过关，逃避罪责。
二、区分本罪与签订、履行合同失职被骗罪的界限
关键在于主体不同，本罪主体仅限于国家机关工作人员；而后罪主体则为国有公司、企业、事业单位中的直接负责的主管人员，对于一些合同和涉外技术转让合同，国有土地转让合同等必须经过国家有关机关审奋批准。国有公司、企业、事业单位在签订、履行这些合同过程中如果玩忽职守，而有关主管机关的工作人员在审批过程中亦玩忽职守、严重不负责任，致使国家利益遭受重大损失的，则国有公司、企业、事业前段时间的主管人员与主管机关的工作人员对此都应承担玩忽职守、严重不负责任行为的刑事责任。但定罪则应根据主体身份的不同特征分别以本罪与签订、履行合同失职被骗罪论处。
三、认定本罪要注意与对方的行为结合起来加以认定
只有对方出于非法占有的目的，采取虚构事实或隐瞒事实真相的于段实施了诈骗，且构成合同诈骗犯罪的情况下，本罪才能构成，如果对于不是出于非法占有的目的，即使有虚构事实或隐瞒真相的手段，后亦因自己的行为造成了国家利益重大损失，但由于对方行为不属诈骗，因而也不能以本罪论处，因此，本罪的成立要以对方实施合同诈骗的犯罪成立为前提，当然，对方诈骗犯罪成立，并不意味着本罪一定成立，如认真履行了自己的职责，却被对方诈骗，或者对方虽然诈骗得逞、后又追回了一些损失并未造成重大损失的，就不应以本罪定罪。
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