一、区分本罪与非罪的界限
判定一种阻碍执行职务的行为是否构成犯罪，从以下几个方面判断：
1、行为人主观上有无故意阻挠军队指挥、值班、值勤人员执行职务的目的。如果属于对指挥、值班、值勤人员发牢骚、讲怪话、态度生硬，或者仅有一般嘲讽、辱骂，甚至轻微的顶撞行为，行为人并不希望对方停止、变更、放弃执行职务结果发生的，不应以犯罪论处。
2、客观上行为人是否实施了暴力、威胁手段，是否因此发生了指挥、值班、值勤人员停止、放弃、变更执行职务或无法执行职务的后果。如果行为人虽然实施了某种阻挠行为，但只是影响了指挥、值班、值勤人员正常执行职务，或者对方虽然出现了停止、放弃、变更执行职务或者无法执行职务的结果，但与行为人的行为并无必然的因果关系，也不应以犯罪论处。
3、行为人的阻碍行为对国家军事利益侵害的轻重程度。如果行为人阻碍指挥、值班、值勤人员执行职务的情节、后果、危害均不严重，就应按军纪处理。反之，如果因行为人的阻碍行为，致使国家的军事利益遭受损害的，表明其行为的情节、后果、危害达到应追究刑事责任的程度，就应以犯罪论处。
二、区分本罪与阻碍军人执行职务罪的界限
1、阻碍执行军事职务罪侵害的是指挥和值班、值勤秩序，而阻碍军人执行职务罪侵害的是军人依法执行职务的秩序。
2、阻碍执行军事职务罪的犯罪对象限定为指挥人员或者值班、值勤人员，而阻碍军人执行职务罪的犯罪对象是所有军人，其中包括了指挥人员或者值班、值勤人员。
3、阻碍执行军事职务罪的犯罪主体是所有军人，而阻碍军人执行职务罪的犯罪主体是所有达到刑事责任年龄、具有刑事责任能力的公民，包括了所有军人。因此，当军人阻碍其他军人依法执行职务时，如果被阻碍执行职务的是指挥人员或者值班、值勤人员，则应以阻碍执行军事职务罪论处;如果被阻碍执行职责的是其他军人，则应以阻碍军人执行职务罪论处。
三、犯本罪致人重伤、死亡的定罪量刑
本罪致人重伤、死亡的定罪，在行为人以故意伤害他人的暴力方法阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务时，可能会造成被害人重伤或者死亡的后果。在这种情况下，行为人虽然对造成他人伤害的结果主观上也是故意实施的，客观上也实施了故意伤害的行为，但这种伤害行为已与阻碍执行职务的行为发生犯罪竞合关系。鉴于本法对阻碍执行军事职务罪有特别规定，其中对致人重伤或者死亡的法定刑重于本法第234条故意伤害罪致人重伤、死亡的法定刑，而且本法第234条还明确规定“本法另有规定的，依照规定”，所以应一律以阻碍执行军事职务罪论处，不能再定故意伤害罪。
四、区分本罪与妨害公务罪的界限
两罪在主观心理状态方面是相同的，都是基于故意；在客观方面都是以暴力和威胁方法为犯罪手段，实施了阻碍执行职务的行为。其区别是：
1、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件为特殊主体，即只能是军人；妨害公务罪的主体，是一般主体，即可以是任何达到法定刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人。
2、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军职任务的正常执行活动，侵害的对象是军队的指挥人员、值班人员、值勤人员；妨害公务罪侵害的客体是社会管理秩序，侵害的对象是国家机关工作人员。这是认定和区分两罪的关键所在。例如军人以暴力、威胁方法阻碍国家工作人员执行职务的，以妨害公务罪论处。
五、区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
阻碍执行军事职务罪与聚众扰乱社会秩序罪行为人的主观心态、客观表现方式方面有相似之外，但也有明显的区别：
1、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军队任务的正常执行活动，是军事利益，聚众扰乱社会秩序罪则是社会秩序。
2、侵害的对象不同。阻碍执行军事职务罪侵害的对象，必须是军队的指挥、值班、值勤人员，聚众扰乱社会秩序罪则是针对特定的机关、单位等。
3、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件只能是军人，聚众扰乱社会秩序罪的主体要件则是军内外人员均可构成。
4、犯罪手段不尽相同。阻碍执行军事职务罪是使用暴力、威胁方法，聚众扰乱社会秩序罪的犯罪手段则是多种多样的，如暴力袭击、强行侵占、冲击、哄闹等。
5、犯罪结果不同。阻碍执行军事职务罪不一定造成具体的危害结果，而聚众扰乱社会秩序罪必须是情节严重，使国家、军队、社会遭受严重损失的，才构成犯罪。
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