1、本罪与非罪的界限
区分二者也应当从主观方面与客观方面两方面去把握。从主观方面看，如果行为人的确不知道其所携带、运输、邮寄过境的是珍贵动物及其制品，即其主观上没有故意，不能认为其构成走私珍贵动物、珍贵动物制品罪，从客观方面看，如果行为人走私行为的对象只是一般的动物及其制品，一般不以犯罪论处。当然， 如果其走私一般动物及其制品，偷逃应税数额较大，可以构成走私普通货物、物品罪。
2、本罪与非法收购、出售珍贵、濒危野生动物、珍贵动物制品罪的界限
非法收购、出售珍贵、濒危野生动物、珍贵动物制品罪是指违反野生动物保护法规，非法收购、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物及其制品的行为。它与走私珍贵动物、珍贵动物制品罪在犯罪对象上有一致之处，且在客观方面，走私珍贵动物及其制品的犯罪分子往往具有收买、倒卖的行为表现，故而二罪有一定相似之处。关键在于两罪侵犯的客体不同;走私珍贵动物、珍贵动物制品罪侵犯的客体是国家对外贸易管制，而非法收购、出售珍贵、濒危野生动物、珍贵动物制品罪侵犯的客体则是国家对野生动物资源的保护制度。所以，在实践中，行为人在内海、领海运输、收购、贩卖国家禁止出口的珍贵动物及其制品，或者走私集团的成员分工在国内负责收购珍贵动物及其制品以及受走私团伙的收买、指使，帮助收购珍贵动物及其制品，这些行为均应认定为走私珍贵动物、珍贵动物制品罪，而不是非法收购、出售珍贵、濒危野生动物罪。
3、为走私珍贵动物及其制品的罪犯提供便利条件行为的认定
根据本法第156条的规定，与走私珍贵动物及其制品的罪犯通谋，为其提供贷款、资金、帐号、发票、证明，或者为其提供运输、保管、邮寄或其他方便的，应以走私珍贵动物、珍贵动物制品罪的共犯论处。
4、以暴力、威胁方法抗拒缉私行为的认定。
走私珍贵动物及其制品，并以暴力、威胁的方法抗拒海关人员的缉查，根据本法第157条规定，应以走私珍贵动物、珍贵动物制品罪和妨害公务罪对其进行数罪并罚。
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